La Directive Habitats, faune, flore de 1992 fixe la liste des espèces et des habitats menacés sur son territoire. L'annexe I liste les habitats naturels, l'annexe II liste les espèces animales et végétales. Ce sont des espèces et habitats dits "d'intérêt communautaire". L'objectif est de veiller à leur bonne conservation.
Important : la conservation d'une espèce passe par la conservation de son habitat (à distinguer des "habitats naturels").
Parmi les 2229 espèces listées par l'Union européenne, la France a identifié sur son territoire métropolitain 204 oiseaux , 100 autres espèces animales et 63 espèces végétales.
Elle compte compte 133 types d’habitats sur les 233 retenus par l’Union européenne.
Pour désigner ensuite les sites Natura 2000, l’annexe III de la directive « habitats, faune, flore » fixe des critères de sélection :
- Pour les habitats naturels ou semi-naturels, la représentativité de l’habitat dans le site , sa surface et son état actuel de conservation sont essentiellement pris en compte.
- Pour les espèces et habitats d’espèces, l’importance des populations présentes dans le site par rapport aux populations évaluées sur le territoire national est primordiale. Le degré de conservation de l’habitat et sa fonctionnalité (aire de repos , de reproduction, d’alimentation, d’hivernage, d’estivage) entrent aussi en jeu.
Chaque pays établit des listes de propositions de sites pour chaque type d’habitat naturel et pour chaque type d’espèce. La Commission européenne, assistée d’experts scientifiques, les examine.
L’importance des inventaires
Depuis 1979, à la demande du ministère chargé de l’environnement, le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN) collecte et concentre des données sur la faune et la flore. Les observations sont transmises par l’ensemble du réseau naturaliste : ONF, ONCFS, CSP, RNF, Espaces naturels de France, associations d’études et de protection de la nature et les Conservatoires botaniques nationaux. Elles ont permis de recenser les zones naturelles d’intérêt écologique, faunistique et floristique (ZNIEFF), utiles pour la désignation des sites.